Indécis Port protéomique multi-organes de Felis catus et relation protéomique transcriptome lorsque d’une puanteur aiguë à toxoplasme | Maladies infectieuses de la impécuniosité

vérification de T.Gundy puanteur

Des résultats de PCR positifs ont été détectés avec les six organes obtenus à quitter de chats infectés (Documentation auxiliaire 1 : Cocarde S1A), et des produits de PCR positifs ont été identifiés plus T.Gundy Suivant atavisme par développement RFLP. Puisque organisé, intégraux les échantillons de chats témoins voyaient négatifs (Documentation auxiliaire 1 : Cocarde S1A). T.Gundy Des kystes d’œufs ont été observés chez les fèces de chats infectés (Documentation auxiliaire 1 : Cocarde S1B).

Bertillonnage et décompte des protéines

Nous-même avons apposé l’montée protéomique quantitative basée sur iTRAQ avec authentiquer les hommes de protéines et à elles lignes d’donnée chez dissemblables échantillons de tissus de chats magnifiquement atteints. Au parfait, 2 118 641 spectres ont été obtenus, en compagnie de une norme de 353 107 spectres avec tout affilié. Continuateur les recherches du planning gri-gri, une norme de 78 698 spectres ont été appariés et une norme de 68 794 peptides particuliers à dominant classement a été reconnue. 32 657 protéines ont été identifiées chez les six organes, en compagnie de une norme de 5 443 protéines par accessoire (placard 1). Quant à l’développement de l’donnée différentielle, 855, 575, 463, 283, 255 et 125 protéines ont été identifiées plus DEP chez le cœur, l’cæcum filant, le foie, la offensé, les poumons et le esprit, respectivement, au sujet de aux noyaux non infectés (placard 2). Sur les 2556 DEP, 1325 et 1231 ont été identifiés plus des protéines régulées à la élévation et à la amollissement comme les chats infectés au sujet de aux chats non infectés. Le foie contenait le avec vaste abondance de protéines régulatrices (319), ininterrompu de l’cæcum filant (309), du cœur (298), de la offensé (185) et des poumons (155), cependant que le abondance le avec critiquable se incarnait chez le esprit (59). Conte attrayant, le avec vaste abondance de protéines régulées défavorablement a été détecté chez le cœur (557), ininterrompu de l’cæcum filant (266), du foie (144), des poumons (100) et de la offensé, cependant que le abondance le avec critiquable a été détecté chez le esprit. (66). ). Le abondance de DEP avec tout affilié est expédient chez le placard 2.

Le placard 1 est un estimation des résultats avec les protéines
Le placard 2 est un estimation des protéines identifiées chez les organes des chats

Discours d’élargissement logique avec toutes les protéines

Des analyses d’élargissement des voies GO et KEGG ont été effectuées sur toutes les protéines et les résultats détaillés sont présentés chez le dossier auxiliaire 2 : placard S1 et le dossier auxiliaire 3 : placard S2. Sur la ammoniaque des résultats de l’élargissement GO avec la groupe des évolution biologiques (BP), les protéines 5351 et 3274 ont été profusément enrichies en exercice de bluette et catalytique. Les protéines ont été annotées chez la décence des dissemblables composants cellulaires (CC), y imprégné le anatomie cellulaire (13341), l’organelle (9373), la cuticule (6302) et le compliqué moléculaire (2603). Quant à la groupe de la assaut moléculaire (MF), les protéines 6051, 4395, 4198 et 3923 voyaient associées respectivement au évolution cellulaire, au évolution métabolique, au évolution écologique et à la répartition du évolution écologique (Fig. 1). L’élargissement KEGG a enregistré six classes fonctionnelles, y imprégné les évolution cellulaires, le rétribution de l’écho environnementale, le évolution d’écho héréditaire, les maladies humaines, le métabolisme et le establishment physique. La grand nombre des protéines voyaient enrichies chez la transduction et le catabolisme (938), la transduction du branle-bas (1614), la thème (561), les maladies infectieuses : virales (1013), les cartes globales et globales (1422) et le establishment protecteur (1039) (Fig. . 2).

courbe 1

Méandre à montants horizontales de la taxinomie de l’métaphysique héréditaire (GO) des protéines identifiées chez le esprit, le foie, les poumons, la offensé, le cœur et l’cæcum filant des chats affectés. Toxoplasme Le septième ouverture subséquemment la marque. L’axe des x conférence le abondance de protéines et l’axe des y conférence les termes GO .

lyrique 2
Figure 2

Répertoire de Kyoto des gènes et des génomes (KEGG) route d’élargissement de protéines particuliers chez le esprit, le foie, les poumons, la offensé, le cœur et l’cæcum filant des chats affectés. Toxoplasme Le septième ouverture subséquemment la marque. L’axe des x conférence le abondance de protéines et l’axe des y conférence les voies KEGG .

Discours d’élargissement de protéines différentiellement exprimées

Pour la décence MF, la grand nombre des DEP voyaient enrichis en bluette, en exercice catalytique, en partager de la assaut moléculaire, en exercice de élément structurelle et en exercice de roulant (placard 3). Quant à la décence CC, la grand nombre des DEP voyaient enrichis en élément cellulaire, soirée, organite, généralité extracellulaire, cuticule et compliqué moléculaire (placard 3). Pour la groupe BP, la grand nombre des DEP voyaient impliqués chez le évolution cellulaire, le évolution métabolique, la répartition écologique, la répartition du évolution écologique et la mandement aux excitations. Les DEP ont été enrichis chez le esprit au institut du évolution des organismes multicellulaires (placard 3).

Étiquette 3 Aperçu de l’développement d’élargissement GO des abattis du matou

L’développement d’élargissement KOG a montré que la grand nombre des DEP voyaient enrichis en délire d’acides aminés, métabolisme (cæcum filant et poitrine), fabrication et mutation d’cran (offensé et cœur), délire et métabolisme des lipides (foie et esprit) chez le métabolisme. Pour le entreposage et le rétribution de l’écho, la grand nombre des DEP voyaient enrichis en thème, constitution ribosomique, évolutionnisme (cæcum filant, poitrine, offensé), rétribution et évolution de l’ARN (foie), constitution de la chromatine, mécanique de duplication (cœur), duplication, enjambement et réforme (esprit). ). Pour les évolution cellulaires et la guidage, les DEP ont été surtout associés aux mécanismes de transduction du branle-bas (esprit, cœur, offensé, foie et poitrine) et de inflexion post-traductionnelle, de assurance des protéines et de chaperons (cæcum filant) (placard 4).

Étiquette 4 Aperçu de l’développement d’élargissement KOG des organes de matou

Puisque le conférence le placard 5, l’élargissement de la route KEGG a notoire que chez les évolution cellulaires, la grand nombre des DEP voyaient associés à la majoration et à la refroidissement cellulaire (cæcum filant, offensé, esprit) ou au délire et au catabolisme (poitrine, foie, cœur). Pour le rétribution de l’écho environnementale, la grand nombre des DEP voyaient associés à la transduction et à la thème du branle-bas (cæcum filant, foie, offensé, poitrine) ou au plissage, au tri et à la altération (esprit, cœur). Pour le rétribution de l’écho héréditaire, la grand nombre des DEP ont été associés au plissage, au tri et à la altération (esprit et cœur) ou à la thème (offensé, foie, poitrine et cæcum filant). Pour les maladies humaines, la grand nombre des DEP ont été associées à des cancers : modèle (cæcum filant) ou maladies infectieuses (poitrine et foie) : dérangement bactérienne, dérangement cardiovasculaire (offensé), dérangement neurodégénérative (cœur) ou dérangement cardiovasculaire (esprit). Pour le métabolisme, la grand nombre des DEP voyaient associés aux MAP et aux perspectives. Pour les systèmes organiques, la grand nombre des DEP ont été associés au establishment protecteur (esprit, offensé, foie, poitrine, cæcum filant) ou à l’adhérence environnementale (cœur).

Étiquette 5 Aperçu de l’développement des voies d’élargissement des organes du matou mémorable les voies enrichies annotées conformément les six principales classes KEGG

Corrélations parmi les situation protéomiques et transcriptomiques

Une critiquable relation a été observée parmi le stade de imitation et les changements protéiques avec toutes les protéines quantifiées (s = 0,027) et des protéines différentiellement exprimées (s = 0,487). Dans toutes les protéines, 41, 56, 64, 44, 46, 28 protéines ont été communément identifiées aux lignes des protéines et des transcrits chez le esprit, le cœur, le foie, les poumons, l’cæcum filant et la offensé, respectivement (Fig. 3). Cependant que avec les DEP, seules les protéines 19, 17, 9, 9 et 3 voyaient communes aux lignes de transcrit et de protéines chez le foie, l’cæcum filant, le cœur, les poumons et la offensé (Fig. 4; Documentation auxiliaire 4: Étiquette S3). Dans celles-ci, 3 protéines (indoleamine 2, 3-dioxygenase 1 et guanylate-binding protein 1), 12 protéines (par idée indoleamine 2, 3-dioxygenase 1, cavuli-binding protein, parvin beta), 8 protéines (par idée indoleamine 2, 3 – Dioxygénase 1, synapsine I, métallopeptidase laser), 8 protéines (ex. indoleamine 2, 3-dioxygénase 1, tryptophanyl-ARNt synthétase, apolipoprotéine A1) et 3 protéines (transembrane p24 traffic protein 1, CDP-diacylglycérol-inositol-3-phosphatidinase ) chez le cœur, le foie, les poumons, l’cæcum filant et la offensé, respectivement. Sept protéines (par idée scléroprotéine de parangon XV aleph 1, scléroprotéine de parangon I aleph 1, FTO alpha-cétoglutarate assaisonnant de la dioxygénase), 7 protéines (par idée glucosylcéramidase niais 3, NDRG descendance 2, poursuivre carboxylique hydrolase), 1 protéine (réseau) et 9 protéines (par idée UDP-glucuronosyltransférase, ectonucléotide pyrophosphatase/phosphodiestérase 6, 3-hydroxyanthranilate 3 et 4-dioxygénase) ont été régulés matériellement chez le cœur, le foie, les poumons et l’cæcum filant, respectivement (Documentation auxiliaire 4 : Étiquette S3). Conte attrayant, il n’y avait pas de DEP en collant parmi la protéine et le transcrit chez le esprit (Fig. 4).

Figues. 3
figure 3

Les diagrammes de Venn montrent le chevauchement parmi toutes les protéines identifiées chez la protéine et les gènes différentiellement exprimés identifiés chez le transcriptome du esprit, du cœur, du foie, des poumons, de l’cæcum filant et de la offensé des chats affectés. Toxoplasme Le septième ouverture subséquemment la marque

Cocarde 4
Figure 4

Les diagrammes de Venn montrent le chevauchement parmi les protéines différentiellement exprimées (DEP) identifiées chez les protéines et les gènes différentiellement exprimés (DEG) identifiés chez le transcriptome du esprit, du cœur, du foie, des poumons, de l’cæcum filant et de la offensé des chats infectés. Toxoplasme Le septième ouverture subséquemment la marque

Quant à l’développement de la bluette GO, les DEP voyaient surtout enrichis chez une généralité extracellulaire associée à la transmembrane, une élément transmembranaire et une élément cytoplasmique chez la décence CC (Fig. 5). Pour la décence MF, la grand nombre des DEP voyaient enrichis en bluette diastasique, bluette ionique, bluette au compliqué périodique physique, exercice de répartition diastasique, exercice oxydoréductase et bluette au compliqué protidique (Fig. 6). Pour la groupe BP, la grand nombre des DEP voyaient enrichis en répartition de la assaut moléculaire, du métabolisme des petites molécules, de la répartition de la mandement annulation, du évolution de majoration et de la mandement aux excitations externes (Fig. 7). La relation de l’élargissement de la route KEGG a notoire que les DEP sont surtout enrichis en puanteur par l’herpès simplex, la route métabolique, l’automatisme des récepteurs ECM, la guidage des récepteurs de parangon Toll et la route des pentoses phosphates (Fig.

Cocarde 5
Figure 5

L’élargissement par bluette à l’métaphysique héréditaire (GO) des protéines différentiellement exprimées (DEP) chez le ingrédient cellulaire conférence la taille de changements chez les lignes de protéines et de transcrits chez le esprit, le cœur, le foie, les poumons, l’cæcum filant et la offensé des chats affectés. Toxoplasme Le septième ouverture subséquemment la marque

Cocarde 6
Figure 6

L’élargissement de bluette à l’métaphysique héréditaire (GO) des protéines différentiellement exprimées (DEP) chez la assaut moléculaire conférence la taille de changements chez les lignes de protéines et de transcrits chez le esprit, le cœur, le foie, les poumons, l’cæcum filant et la offensé des chats affectés. Toxoplasme Le septième ouverture subséquemment la marque

Cocarde 7
Figure 7

Élargissement par bluette d’métaphysique héréditaire (GO) de protéines différentiellement exprimées (DEP) chez un évolution écologique illustrant la taille de changements chez les lignes de protéines et de transcrits chez le esprit, le cœur, le foie, les poumons, l’cæcum filant et la offensé des chats affectés. ToxoplasmeLe septième ouverture subséquemment la marque

Cocarde 8
Figure 8

Répertoire des gènes et des génomes de Kyoto (KEGG) – Élargissement par bluette des protéines exprimées de comportement différentielle (DEP) mémorable la taille de changements chez les lignes de protéines et de transcrits chez le esprit, le cœur, le foie, les poumons, l’cæcum filant et la offensé des chats infectés ToxoplasmeLe septième ouverture subséquemment la marque

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